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《开元宝典》的墨香尚未散尽，其浩瀚篇幅中独立成门的“农桑医道”部，尤其是其中大量前所未见、图文并茂的医药新知，如巨石入水，在太常寺太医署、尚药局以及民间杏林之中，激起了远比“日心说”更为直接、也更为复杂的波澜。毕竟，星辰运转关乎观念，而医药生死，则切切实实关乎每个人的身体与伦常。当那些描绘着清晰人体骨骼、肌肉、内脏位置的“解剖图”，记载着用刀针处理外伤、痈疽甚至“剖腹取肠”的“外科要术”，以及强调“病气”（病菌）可通过接触、空气、虫媒传播，需以“沸水、烈酒、石灰、蒸熏”防范的“防疫辑要”，连同诸多前所未闻的药方、疗法一同被收录进煌煌国典时，引发的震动可想而知。格物院医道馆，这个原本在八馆中相对低调、以整理古籍和搜集民间验方为主的分支，一夜之间被推到了风口浪尖。馆主秦鸣鹤，本就是京洛名医，曾以金针刺穴缓解高宗风疾而受赏识，被李瑾延请入格物院。他年近五旬，性情沉稳，精于针灸和内科，对《黄帝内经》、《伤寒论》钻研极深。起初，他对李瑾提出的“实证医理”、“解剖明形”、“外科技法”颇感疑虑，认为医道首重阴阳五行、脏腑气机，刀针金石乃不得已之下策，且“身体发肤，受之父母，不敢毁伤”，解剖人体有违人伦。但李瑾并未强求，只是让他先主持整理、验证《宝典》中计划收录的医药部分，尤其是那些来自民间、军队、乃至域外（如天竺、波斯）的奇方异术，并系统研究常见疾病的症状与疗法。
在整理过程中，秦鸣鹤和他的弟子们遇到了无数难题。许多古方记载模糊，药材异名繁多，剂量全凭“少许”、“适量”；对疾病起因的描述，多归为风寒暑湿、情志内伤或鬼神作祟，治疗方法则针、灸、药、咒禁混杂，疗效难以确证。更麻烦的是外科和伤科，军中金疮箭伤、民间痈疽骨折，死亡率、致残率极高，而传世医书对此记载简略，多强调“敛疮生肌”的方药，对清创、缝合、正骨手法、预防“溃烂”（感染）几乎无系统论述。
转折点出现在麟德十年夏。洛阳周边数县爆发“绞肠痧”（霍乱或急性肠胃炎）及“虏疮”（天花？）疫情，蔓延迅速，死者相枕。太医署派员救治，仍按伤寒、温病论治，效果不彰。李瑾紧急命令格物院介入，并授意秦鸣鹤尝试《宝典》编纂中已初步成形的“防疫法”：隔离病患，沸水消毒衣物器具，石灰水泼洒污染区，要求接触者以面巾（简易口罩）覆口鼻，并用高度蒸酒（尝试提纯的酒精）擦拭患处和医者手臂。同时，对“绞肠痧”患者，试用口服“糖盐水”（李瑾根据记忆提出的补液概念）替代单纯禁食或泻下。
效果是显著且令人震惊的。在严格采取隔离和消毒措施的村庄，疫情蔓延速度明显慢于其他地方。尽管仍有死亡，但“糖盐水”疗法确实让部分上吐下泻濒死的患者挺了过来。尤其是一位兵部重伤员，腹部被箭矢所伤，肠子外露，按照传统做法几乎必死，但在秦鸣鹤亲自指挥下，医道馆的弟子以蒸酒清洗伤口和双手，用沸煮过的细麻线（尝试以羊肠线替代但未成功）小心缝合了肠管和腹壁，术后以蒸酒擦拭伤口，并用沸水煮过的洁净麻布包扎，令其独居一静室休养。这名伤员竟奇迹般地避免了常见的“溃烂发热”，伤口逐渐愈合，月余后能下地行走！
此事在太医署和洛阳医家圈中引起了轰动。秦鸣鹤亲自经历了这一切，深受触动。他开始反思，那些被自己视为“小道”、“未技”甚至“残忍”的方法，在生死面前，似乎有着传统医理无法解释的奇效。李瑾趁热打铁，与他进行了一次长谈。
“秦公，医者仁心，首在活人。无论针砭药石，还是刀割线缝，皆是手段。若因固守‘身体发肤’之训，而眼睁睁看伤者溃烂而死，看疫病蔓延夺命，此仁心何在？阴阳五行，乃先贤解释人身天地之理之模型，其理或有之，然具体到一疮一伤，一疫一病，若不深究其形，明其所以然，仅凭气化推演，岂非隔靴搔痒？” 李瑾恳切道，“譬如金疮，若不直视伤口，清除污秽，缝合断裂，单靠内服汤药，何以促其愈合？譬如疫病，若不知其可接触相传，不设法隔断，纵有仙丹，何能阻其蔓延？”
他拿出几卷精心准备的图册，那是他凭借记忆和理解，结合询问军中疡医（军医）、屠户、以及查阅零星古籍（如《灵枢》中模糊的解剖记载，王莽时翟义党徒被“割剥”的记载）后，绘制的人体骨骼图、肌肉示意图、内脏位置关系草图，虽然粗糙，且有不少错误，但大致方位、形状已远胜任何传世医书中的“内景图”。旁边还附有从屠户处观察猪羊犬牛等动物解剖得到的类比笔记。
“此非亵渎，实为敬畏生命，探究造化之妙。” 李瑾指着图册，“人非鬼神，乃血肉筋骨所成。不明骨骼如何支撑，筋肉如何牵引，五脏六腑如何安放，气血如何通行，何以正骨？何以用针？何以用药直达病所？古人云‘知其要者，一言而终；不知其要，流散无穷’。此‘要’，或就在这实实在在的形体结构之中，辅以气化运行之理，方为周全。”
秦鸣鹤抚摸着那些图册，内心剧烈挣扎。作为一名有追求的医者，他当然渴望更了解人体的奥秘，以精进医术。但伦理的枷锁、传统的惯性，如同沉重的帷幕。“太子太师，此心此理，老朽岂能不知？然，人体解剖，千难万难。何处得来遗体？纵是罪囚、无主尸身，亦犯大忌，必遭物议，言官弹劾，恐祸及格物院与太子太师清誉！”
“不急于求成，可从长计议，循序渐进。” 李瑾早已有预案，“第一步，我欲奏请天后、陛下，于格物院下，正式设立‘大唐医学院’，不同于太医署之侍奉宫廷，亦不同于民间师带徒。医学院设‘医学’（内科、瘟病）、‘疡科’（外科、伤科）、‘针灸’、‘正骨’、‘妇人’、‘小儿’、‘五官’、‘本草药石’诸科，系统教授。教材便以《开元宝典·医道门》为基，融汇古今。招生对象，不仅限于儒医子弟，亦招收识字的军中疡医、药户子弟、乃至有心学医的僧人、道士。此院宗旨，在培养通晓医理、精通技艺之实用医者，尤重外伤、疫病防治，以应军国百姓之急需。”
“第二步，”李瑾压低声音，“解剖之事，可分步而行。先不涉人体，而以猕猴、野犬、家猪等与人体相近之兽类为范本，详加解剖，绘图记录，比较异同，以明大体结构、血脉走向。此事可秘密进行，选可靠之人，于僻静处所为之。所得知识，可先用于兽类，再谨慎推论于人体。同时，可广泛搜集军中处理重伤残肢、疡医治疗痈疽疮疡时所见，以及仵作（古代法医）验尸之记录（此需与刑部、大理寺谨慎沟通），互相印证。待时机成熟，知识积累足够，或可争取特许，以无人认领之死囚、战场无名尸身，进行极少数的、严谨的、以研究为目的的解剖，并需订立严格章程，尊重亡者，事后妥善安葬。”
秦鸣鹤思虑良久，长叹一声：“太子太师思虑周详，步步为营，老朽……愿附骥尾，为我华夏医道，开一新途。纵然身前身后，谤满天下，亦在所不惜！”
有了秦鸣鹤的支持，李瑾立即行动起来。他首先向武后和高宗上了一道长长的奏表，详细陈述了当前军中医护、民间疫病防治的薄弱，以及《开元宝典》编撰过程中发现的医药知识混乱、传承保守等问题。他提出，为“上以护佑天子百官之康宁，下以拯济军国民人之疾苦”，当“博采众长，融会古今，建立医教，系统传承”，请求正式设立“大唐医学院”，隶属格物院，但享有独立招生、教学、研究之权，并请求朝廷在政策、经费上予以支持，并准许其在特定情况下，为精研医术，可“观察兽体，类比人身，并谨慎参考军、刑之有限记录，以明形体结构，精进外科正骨之术”，措辞极为谨慎，避开了“解剖”这个敏感词，强调目的是为了治疗外伤、战伤，并应对疫病。
奏表在朝中引起激烈争论。反对者言辞激烈：“以禽兽比人，已是褒渎！还要参考刑狱尸身记录，殊为不祥！”“医术关乎仁心，岂可如工匠般操刀弄斧？此非医道，乃屠沽之术！”“身体发肤，受之父母，孝之始也。如此作为，将置人伦于何地？”
支持者则多为务实派将领（他们深知军中伤兵若有更好的外科救治意味着什么）、部分经历过疫情的地方官，以及被李瑾私下说服的、对医学有开明看法的官员。双方争执不下。
关键时刻，武后发话了。她先是肯定了“仁心仁术”的重要性，接着话锋一转：“然，若无精妙之术，仁心何以施救？军中将士为国捐躯，若因救治无方而殒命，岂非令忠魂含恨？去岁洛阳时疫，若非格物院防疫之法略有效验，死者何止于此？太子太师所奏，重点在于培养疗伤防疫之实用医者，观察兽体亦为精进救治之术，且明言谨慎，不违大体。朕以为，可试行之。医学院可设，然需严加管束，以临床诊治、防疫活人为先，研究之事，需有限度，不得惊扰世俗，违者严惩。”
有了武后的定调，加上高宗皇帝对当年秦鸣鹤金针之术的好感，以及自身对“风疾”等病症治愈的渴望，最终下旨批准。麟德十一年春，“大唐医学院”在格物院旁专辟的院落正式挂牌成立。李瑾任名义上的“院监”，秦鸣鹤实际主持院务，并征召了太医署数位在伤科、针灸、本草方面有真才实学的博士，以及多位民间名医、军中经验丰富的疡医担任教习。首批学员一百二十人，来源复杂，有太医署的年轻医官，有民间郎中的子弟，有识字的军中伤兵老卒，甚至还有几个对医术感兴趣的道士和还俗僧人。
医学院的课程设置，体现了李瑾“融合古今，重视实践”的思路。上午学习《黄帝内经》、《伤寒论》、《神农本草经》等经典理论，但要求结合病例讨论；下午则分科学习，疡科学生必须学习初步的“形体明解”（以兽类解剖图和模型为主），练习伤口清洗、缝合、包扎技术，并使用特制的猪肉、羊肠进行模拟手术；医学（内科）学生则需学习疫病辨识、防疫措施，并开始尝试记录详细病案，包括症状、用药、疗效；药科学生则需学习药材辨识、炮制，甚至尝试用蒸馏法提纯酒精（用于消毒）、萃取某些植物精油。
最大的突破，发生在医学院成立三个月后。在极为保密的情况下，秦鸣鹤带领几名最信得过的疡科教习和优秀学员，在城外一处僻静的庄园内，进行了第一次猕猴解剖。李瑾亲自到场监督。当那只被麻醉（使用了改进的麻沸散配合高度酒）的猕猴被固定好，秦鸣鹤手持一柄用沸水煮过、又在酒精灯上灼烧过的小刀，颤抖着划开皮毛时，所有人都屏住了呼吸。肌肉的纹理、筋膜的走向、骨骼的连接、内脏的位置…… 那些只在模糊传说和图谱中存在的结构，第一次如此真实、清晰地展现在一群医者面前。他们小心翼翼地分离、观察、记录、绘图，并与之前根据兽类推测的人体结构图进行比对、修正。
这次解剖本身，或许在医学史上微不足道，但对于在场的每一个人，其心理冲击是巨大的。神秘感被打破，代之以一种混杂着敬畏、激动和强烈求知欲的复杂情绪。原来，生命的构造如此精妙，又如此“实在”。
随后，野犬、家猪的解剖也陆续进行，并开始系统研究不同部位创伤的愈合过程，尝试不同的清创、缝合方法和药物。酒精的消毒作用被明确证实，煮沸布匹、器械的重要性得到强调。尽管“病菌”概念尚未提出，但“邪毒”、“腐气”可通过不洁之物传播的观念，以及“洁净避秽”的操作规范，开始在医学院内部成为铁律。
同时，秦鸣鹤通过私人关系，从刑部、大理寺的仵作那里，获得了部分无主尸身或死刑犯尸体的粗略检验记录（主要是体表特征、伤痕、骨骼损伤情况），并与解剖所见相互印证。他还秘密寻访了几位经验极为丰富、曾处理过严重腹部外伤（多为战场或意外）而侥幸存活病例的军中医官和民间疡医，记录下他们模糊的记忆和手法。
这些点点滴滴的知识，被不断整理、绘制、修正，形成了一系列更为精确的人体解剖图谱（仍标注大量存疑和推测）、外科手术器械图（设计了更小巧的刀、剪、钳、钩，并要求用精钢打造，便于煮沸消毒）、外伤处理规范、常见骨折固定法、以及针对痈疽、箭伤、刀伤、烧伤的分级处理方案。这些内容，被作为“疡科高级教本”，在医学院内部小范围传授。
麟德十一年秋，一场边境冲突中，数名重伤的唐军士卒被送回洛阳。军中医官束手无策。医学院请求介入。在得到兵部特许后，秦鸣鹤带领疡科学员，在严格消毒（沸水、酒精）和麻醉（改良麻沸散）下，为一名腹部贯通伤、肠管破裂的士兵进行了清创、肠管缝合、腹腔清理、腹壁缝合手术。术后，伤员被安置在专门准备的、保持洁净的隔离病房，由学员轮流监护，以糖盐水维持，外敷特制“玉红生肌膏”（一种改良的促进愈合药膏）。尽管伤员最终因失血过多和术后并发症在五日后去世，但手术本身成功了——伤口没有出现严重的溃烂，这给了医学院上下巨大的信心。
随后，他们对几名四肢骨折的伤员使用了新式的夹板固定法（基于更准确的骨骼知识），对复杂伤口进行了更彻底的清创和缝合。这些伤员的愈合速度、感染比例，明显优于传统方法处理的伤员。消息逐渐在军中传开，一些中下级将领开始主动将重伤员送往医学院附属的“伤疗所”尝试治疗。
医学院的名声，首先在军队和下层百姓中悄然传开。虽然士林清流中对“操刀弄血”仍有鄙夷，但实实在在的疗效，逐渐改变着一些人的看法。而医学院培养的第一批学员，也开始将“洁净”、“消毒”、“规范操作”的理念，以及一些简单有效的外伤处理、正骨手法，带往军队和民间。
李瑾知道，真正的医学革命，路途尚远。解剖学的伦理障碍、病菌理论的缺失、无菌操作的原始、麻醉和止血技术的落后、对多数内科疾病依然无力的现实…… 都是巨大的挑战。但第一步已经迈出。一所系统传授医学知识、强调实证观察、开始触碰人体奥秘、并将外科和防疫提到重要位置的医学院，已经建立。一种新的、融合了传统智慧与实证精神的医学思想和实践，如同石下嫩芽，开始在这片古老的土地上，艰难而顽强地生长。
医学院深处，那间保密的研究室墙上，挂着一幅新绘制的人体骨骼肌肉·图，比最初李瑾提供的草图精确了许多。秦鸣鹤常常站在图前，久久凝视，对身边的弟子叹道：“先贤言‘上工治未病’，然伤病已生，则需‘上工明其形，知其所以然，而后能治’。此路漫漫，吾等当如履薄冰，慎之又慎，然其志不可夺也。”
窗外，是洛阳城连绵的屋舍，无数生命在其中诞生、成长、病痛、衰老。一场静默的、关乎亿万生民健康的革新，已然在格物院一隅，悄然播下了最关键的第一粒种子。
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