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《尼布楚条约》订立之时，悄然间，外蒙古已经被来自新疆的准噶尔部落的首领噶尔丹占领。正是因为这个原因，中国和俄国的边界其实划到了尼布楚为界，而尼布楚以西的地方，尤其是有关外蒙古与西伯利亚之间的界限并没有谈论到。当时在外蒙古的蒙古人，分成了三个部分：首先是东边的车臣汗国、其次是西边的札萨克图汗国、最后是中间的土谢图汗国。三个汗国的汗，都是来自于当年元太祖忽必烈的十六世孙的后裔，加在一起统称为“漠北”或“漠北喀尔喀”。而在热河的东部，其实也有喀尔喀，分成左右两部分。
新疆北部的蒙古人在元朝分为四个卫拉特（oirat），而准噶尔在今天的伊犁地区，和硕特在乌鲁木齐一带，杜尔伯特在承化一带，土尔扈特在塔城附近的雅尔一带。
明代的官方文书称卫拉特为“瓦剌”，到了清朝的时候，便称呼为“厄鲁特”或“额鲁特”。
准噶尔在四个卫拉特里是最为强势的，甚至在明朝末年，强迫土尔扈特部迁走，让他们到俄国境内伏尔加河流域（直到乾隆年间才迁了回来）。
准噶尔本就强势，而在康熙年间准部出现了一位很有能力的领袖——噶尔丹。他吞并了和硕特部与杜尔伯特部，一举统一了新疆的北部，又用武力让新疆南边的喀尔噶尔、叶尔羌等回教部落也归属了他。
康熙二十七年，他又利用札萨克图汗部与土谢图汗部的“内讧”与矛盾，趁机领了三万骑兵，帮札部打土部，打败了土部又占领札部，倒是有几分像假虢灭涂之计，之后又侵占了车臣汗部。从此，噶尔丹成为事实上草原的霸主，跨有外蒙古和新疆，好似当年努尔哈赤之崛起于辽东一样，但地盘比努尔哈赤的发源可要大得多。
众所周知，康熙也是一位雄才的君主，他怎么能忍受这样的威胁，任何有点脑子的统治者都不会允许自己的政权旁边还有另外一个强大的地盘，再不济也得有个缓冲地带，正如赵匡胤所言“卧榻之畔岂容他人鼾睡”。
正好这个时候，三个“漠北喀尔喀”汗部的汗以及臣民集体逃难到沙漠的南边，人数有几十万之众。康熙表示欢迎，并且把他们安置在苏尼特各旗的地方。
噶尔丹逼迫的很紧，一直在后面紧追。以感性的评价维度，噶尔丹此刻以后，死不足惜。
康熙觉得此刻时机已到，决定亲征。
在出了长城以后，驻扎在博和洛屯，将主要的兵力交由同父异母的裕亲王福全，封为抚远大将军，迎击噶尔丹。
两军在乌兰布通一起相遇，八月初一，噶尔丹把骆驼捆了，盖着浸透水的毯子，形成所谓的“驼阵”，却怎么也挡不住清的枪炮，噶尔丹大败。
噶尔丹派代表伊拉古克三呼图克图来和清军的福全谈判议和，他的要求是：交出土谢图汗部的汗察珲多尔济以及建议漠北喀尔喀诸部向南逃难的哲布尊丹巴（活佛）。福全觉得条件太过于苛刻，不允通过，将伊拉古克三呼图克图骂走。
结果刚过一天，噶尔丹又派了一位叫济隆的呼图克图来，说道：噶尔丹不再要求交出察珲多尔济，只需要将哲布尊丹巴交出，并押送给西藏的达赖喇嘛加以惩罚，便可以了。
福全的意思是他这个级别没有资格答应，要先请示康熙后，才可有消息。还说：你必须要保证在等候消息的时间内，噶尔丹不允许跑到其他地方去，劫掠我的臣民。济隆表示可以保证。
福全一面向康熙报告，一面派侍卫陪着济隆去见噶尔丹，要他在“威灵佛”前跪下磕头宣誓。宣誓结束以后，噶尔丹又派伊拉古克三过来，交给了济隆一份给康熙的奏章，上面要康熙原谅自己的罪，并要求允许自己“出边待命”。康熙批准了，但告诉福全“噶尔丹为人狡诈，仍当防备他。”而这个时候，噶尔丹已经真的出了边。
十月的时候，福全借口粮食太少，将军队撤退到了哈玛尔岭。康熙大怒，认为军队不可妄动，下旨让福全回北京，索性将全部的军队都撤回。康熙免了福全“议政大臣”的职务，罚俸三年，削夺了三个佐领（九百个世仆及耕地牛羊）
第二年五月，康熙在多伦回见蒙古逐部落首领，将“漠北”（外蒙古）编为三十七个旗，与内蒙的四十九旗同样看待，每个旗都设世袭的“札萨克”。这样的措施和木兰秋弥很是相像，将满洲贵族与蒙古的联系沟通日益密切，也是为了政权的稳定而考虑做出的满蒙联合方针。
过了两年（康熙三十二年），康熙打算派人送漠北喀尔喀的人回到原地，结果科尔沁的奏章说噶尔丹约他们一起南侵。康熙停止了送漠北喀尔喀人回原地的举措，准备再次和噶尔丹碰一碰。
康熙三十五年三月，再次下旨亲征，自己领着中路军，长驱直入到达达克鲁伦河的附近，噶尔丹在河对面，还没开始打，就已经害怕西撤了，康熙在两天以后才知道对方跑了。
噶尔丹退到了昭莫多地方，与清的西路军相遇。恰逢这时，绿营的士兵将噶尔丹的后队辎重劫了，把噶尔丹杀的大败而退，自己的“可敦”（王后）阿弩也战死。
噶尔丹这个时候最想回到新疆去，结果消息传来，自己的侄子兼仇人策妄阿拉布坦，已经接受了康熙的命令，回到伊犁。屋漏偏逢连夜雨，噶尔丹派自己的两个儿子去哈密，结果哈密的回王捆了直接交给了清军。
噶尔丹在穷途末路之下，于康熙三十六年喝毒药自杀。
康熙三十七年，康熙第三次亲征，驻扎榆林，噶尔丹的部下把他的尸体和女儿及三百户残余人口，送还清军。
康熙这才安心，下诏班师回京。
漠北喀尔喀的几十万人口被送回，三十七个旗也扩张至五十五个旗。又增设一个赛音诺颜部，册封额附（驸马）策凌为第一代的贝勒（诺颜），统辖十九个旗，从此之后外蒙共拥有七十四旗（到了乾隆年间，增加至八十三旗）。
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